根据安徽省教育厅和中国科学技术大学有关规定，中国科学技术大学省级和校级本科质量工程经费实行项目管理，管理原则为：统一规划，分年实施；单独核算，专款专用；专项管理，绩效考评。
一、本科质量工程按照安徽省和中国科学技术大学有关规定进行项目评审、立项，经费应确保按期执行，不得挪作他用。
二、专业综合改革试点、特色专业、校企合作实践教育基地、示范实验实训中心、虚拟仿真实验教学中心、卓越人才教育培养计划、创客实验室、教材建设的项目建设周期均为三年；精品资源共享课程、精品视频公开课程、大规模在线开放课程（MOOC）示范项目、教学研究项目、教学团队、名师（大师）工作室的项目建设周期均为两年。
三、项目经费按项目所在学院分两次拨付，项目立项后进行第一次拨款，中期检查合格后进行第二次拨款。
四、项目经费由各学院统一管理，经费使用流程按照财务处规定，由项目负责人本人或授权他人办理使用手续，项目负责人和教学院长签字方为有效。
五、各项经费使用按照财务处相关规定及项目经费预算，主要用于项目相关差旅费，材料费，办公费，设备购置维护费，教研论文版面费，教材出版费，资料印刷费，市内交通费，课程资源建设费，项目相关非在职人员劳务费等。原则上，质量工程项目的人员费支出不超过项目总经费的20%。
六、各项目结题当年年底前该项目经费需使用完毕，超过该截止时间的结余经费将做清零处理。
七、各学院于每年12月份统计本单位经费使用情况并填写本年度《中国科学技术大学本科质量工程经费使用情况统计表》，提交给教学管理部门（教务处）。
八、项目所在学院应保证按规定用途使用经费，项目负责人对经费使用的合法性、合理性和有效性负责，所在学院、教学管理部门等按照职责承担相应责任。
九、本办法自公布之日起执行，各学院应根据本办法结合学院实际，制定实施细则。
十、本办法由教务处负责解释和修订。